I biotopi naturali, consistono in aree esterne a parchi o riserve, caratterizzate da grande interesse naturalistico.
In Friuli Venezia Giulia sono stati istituiti 37 biotopi.
- Magredi di San Quirino, in comune di San Quirino PN.
- Palude di Fontana, in comune di Buia UD.
- Palude Fraghis, in comune di Porpetto UD.
- Paludi del Corno, nei comuni di Gonars-Porpetto.
- Torbiera Scichizza, in comune di Tarvisio UD.
- Torbiera di Sequals, in comune di Sequals PN.
- Torbiera di Casasola, in comune di Majano UD.
- Prati di col San Floreano, in comune di rive d’Arcano UD.
- Palude di Cima Corso, in comune di Ampezzo UD.
- Torbiera di Pramollo, in comune di Pontebba UD.
- Torbiera di Lazzacco, nei comuni di Morozzo e Pagnacco UD.
- Risorgive di Flambro, in comune di Talmassons UD.
- Torbiera di Curiedi, in comune di Tolmezzo UD.
- Risorgive di Virco, nei comuni di Bertiolo e Talmassons UD.
- Risorgive di Zarnicco, in comune di Rivignano UD.
- Palude del fiume Cavana, in comune di Monfalcone GO.
- Prati Umidi dei Quadris, in comune di Fagagna UD.
- Prati della Piana di Bertrando, nei comini di Martignacco e Pasian di prato UD.
- Torbiera Groi, in comune di Aiello del Friuli UD.
- Torbiera di Borgo Pegoraro, in comune di Moruzzo UD.
- Laghetti delle Noghere, in comune di Muggia TS.
- Risorgive di Schiavetti, nei comuni di Monfalcone e Staranzano GO.
- Torbiera Selvote, in comune di Castions di Strada UD.
- Torbiera Cichinot, in comune di Cassacco UD.
- Prati di Lavia, in comune di Pasian di Prato UD.
- Rio dell’Acqua Cadua, in comune di San Daniele UD.
- Selvuccis e Prat dal Top, in comune di Pocenia UD.
- Risorgive di Codroipo, in comune di Codroipo UD.
- Roggia Ribosa, nei comuni di Bertiolo e Codroipo UD.
- Magredi di San Canciano, in comune di Campoformido UD.
- Antico cimitero ebraico, in comune di San Vito al Tagliamento PN.
- Sorgenti del Rio Vignella, in comune di San Vito al Tagliamento PN.
- Prati della Congrua, in comune di Fagagna UD.
- Stagno Studenec, in comune di Duino Aurisina TS.
- Palù di Livenza, in comune di Polcenigo PN.
- Prati di Tribil Inferiore, in comune di Stregna UD.
- Forra del torrente Leale, in comune di Trasaghis UD.